近未来，由于人口的增加和环境的恶化，陆地上的生活已经达到极限。于是世界各国组成了超越国界的国际组织“青”，但是青设立之初活跃的科学家庄代克不知为何背叛了人类，宣布要歼灭人类，他的第一步就是用人工方式让海水上升，这一灾难导致了十亿人的死亡。存活下来的人们在退潮后的海岸边再次建起都市，虽然艰难，但还是充满活力地继续生活下去。
可是灾难才刚刚是开始，庄代克创造出了海洋新生命，拥有高度智能的他们将庄代克推崇为父亲，进行着抹杀全人类的计划，而青是人类唯一的希望...
当纪之第一次见到铁时，对因厌世而堕落的铁抱着厌恶和怀疑，但仍然按照命令要求他归队。铁当然地回绝了这个“邀请”，可是在之后海蜘蛛袭击港口的战斗中，将纪之救出的却是铁...回到6号后，铁也与众不同地与大家格格不入。责任心极强的纪之虽然讨厌铁的处世态度，但也崇拜他高超的战斗技术，并且产生了对铁的关怀。
在与庄代克军的战斗中，铁看到从海蜘蛛驾驶舱里掉出的水中生物--妙迪欧，并帮助在陆地上不能呼吸的她(？)回到大海，在相互的注视中...
回到青的海中基地，铁见到了两年前与庄代克军遭遇后存活下来的前辈，可是出现在眼前的状况更让他陷入深深的自责...庄代克出现在会议室的大屏幕上：“我并不想成为神...只是想让你们好好地思考”。基地受到了来自敌人的强烈攻击，铁驾驶着格兰巴斯冲向敌人，6号仓促迎战。
落入大海的铁被妙迪欧救起，与妙迪欧的接触中，铁发觉有一个问题必须弄清，而能够回答这个问题的只有庄代克本人。另一方面，失去基地的青作出了最后的战略计划--向庄代克所在的南极使用核武器。回归6号的铁无力阻止这一决定，只有象两年前一样，再次成为派往庄代克的使者...
谁可以决定人类的命运？
当所有记忆都被深蓝的海水淹没，我们失去了脚下的土地时，是不是就意味着灭亡？或者，可以，找到，另一种生存的方法...如果我们能够容忍...
当一个并非自愿的世界出现在人类面前，当我们必须作出一个不情愿的选择...
在回归始初的地球上，生命并不会终结...
为发泄仇恨而选择的毁灭，毁灭的不仅是仇敌，还是我们自己...
商业动画片的里程碑
繁复而精致的机械设定一直是日本科幻动漫作品里面最突出的亮点了，前面也曾经提到，在SF题材动画的历史上有过太多优秀的设定，想要在这样精彩的领域再次翻出新的花样绝非易事，不过，据监督前田真宏自己讲，由于他在上世纪80年代初就已经开始充分留意电脑动画的发展进程，所以，凭着多年制作传统动画的经验和对电脑CG理念的深入了解，在1998年这部低成本的OVA制作里面， GONZO工作室的这个主创团队实现了2D角色造型和3D场景几乎完美的融合，并且更加突出的是，整部作品对于海洋战斗场面那种独特的超高速动感的展现有一种非凡的表现力，这正是1998 年同时代的众多动画所不具备的全新手法。
有人会说，美国动画已经在用这些技术了，可是别忘了，相对于好莱坞大制作的成本，《青之六号》使用的拍摄成本几乎只是一个零头而已，而片长几乎是相等的。后来很多日本商业动画作品都开始模仿这种手法，这进一步说明了《青之六号》的里程碑地位。
《青之六号》最精华的场景属于第2集和第3集。在村田和草剪所做的优秀人物造型的衬托下，再加上监督前田真宏亲自参与的机体设定，一个个具有强大视觉冲击力的场景接二连三地被展现在了观众的眼前。小型潜水快艇古兰帕斯被海洋生物蜘蛛攻击机追逐出水一刹那的那种冲击感，青之六号和巨型海洋突变体穆斯卡的正面交锋，真是无与伦比的精彩潜艇战啊。当青之六号的基地被幽灵船袭击的时候，鱼雷爆炸产生的光影效果，再次加强了科幻的奇幻味道。
无处不在的悲剧意味
人类未来的命运始终是科幻题材永恒的情节，日本这个民族对悲剧情节天生的偏好使得日本作者创作出来的经典科幻作品都有浓重的悲剧色彩在里面。这部几十年前的经典作品也不例外，一开始就直接展现出一种人类层面的悲凉，到处都是被水淹没的断壁残垣。而主角速水一开始的颓废样更加强了这种感受。
视觉冲击过后，创作者通过作品展现出对人性的一种反思。片中人类的对立面，那些海洋生物的突变体，事实上还是人类自身的产物，被速水所救的蜘蛛攻击机驾驶员妙迪奥同样具有类似人类的情感，甚至受了伤的巨型突变体穆斯卡也同样是一个具有深刻人性的个体。这些内容同时也让观众在体验画面强烈动感的同时，一起反省人类自身所面临的各种问题。
